Dans le cadre de cette mission, la SVPR collabore étroitement avec la Direction générale de l'environnement (DGE), Division biodiversité et paysage (Biodiv), Section chasse, pêche et surveillance, ci-après «l'Etat» et son Chef des gardes permanents. La SVPR est représentée par son délégué cantonal au gardiennage auxiliaire (DCA). Le répondant formel de l'Etat est le Comité Directeur de la SVPR.
L'Etat, en charge de l'application de la législation sur la pêche et sur la protection des eaux, édicte les dispositions d'exécution des tâches de gardiennage. La SVPR, par son DCA, est l'instance participative à l'organisation, l'encadrement et la formation des gardes-pêche auxiliaires (GPA). Le DCA est habilité à attribuer des missions aux GPA.
Le corps de gardiennage est composé du corps des gardes-pêche permanents (GPP) et du corps des gardes-pêche auxiliaires (GPA). Les deux corps sont représentés par plusieurs membres au sein d'un comité de gardiennage.
Les GPP sont des employés de l'Etat et leurs missions sont décrites dans un cahier des charges. Elles consistent notamment à conduire, instruire, superviser et attribuer des missions aux GPA, sous leur responsabilité.
Les GPA sont des bénévoles, nommés par l'Etat sur préavis du comité de gardiennage. Leurs missions sont décrites dans un cahier des charges. Ils sont directement subordonnés au GPP de leur circonscription et sont tenus au secret de fonction.
Le Délégué cantonal (DCA) membre du comité directeur SVPR est nommé par l'Etat. Sa mission générale est d'assurer le relais des informations entre ses collègues et l'Etat. Les activités du gardiennage auxiliaire font l'objet d'un rapport annnuel rédigé par le DCA qui est transmis à l'Etat. Il est intégré dans le rapport d'activité de la SVPR. Le DCA doit signaler les manquements aux tâches et comportements incompatibles avec la fonction de GPA, fournir assistance et conseil aux GPA et les soutenir en cas de difficultés ou de litiges. Il organise la formation continue ds GPA en collaboration avec le chef des GPP.
Le DCA peut attribuer des missions aux GPA sous réserve des celles déjà confiées par les GPP; par exemple les solliciter pour des tâches de repeuplement, organiser des opérations de relevés ou d'inventaires visant à améliorer les connaissances de la faune aquatique ou à améliorer les habitats naturels. Le DCA représente le corps des GPA, il participe au comité de gardiennage et aux décisions d'organisation et de gestion des GPA. Il participe à la nomination de représentants des GPA au comité de gardiennage.